蛋白質對熱敏感，凍干能使大部分蛋白質的活性保留下來，提高蛋白的穩定性并延長保存時間，同時降低運費。

通過添加保護劑（穩定劑，添加劑，輔料）和控制凍干過程的條件還可以進一步降低活性部分損失。常用的保護劑或穩定劑有糖類，多元醇，聚合物，表面活性劑，某些蛋白和氨基酸等。

常用的蛋白常保護劑有海藻糖和甘露醇。海藻糖可阻止蛋白質二級結構改變以及凍干過程中蛋白質的伸展和聚集。甘露醇也是一種普遍應用的凍干保護劑和填充劑。有文獻報道甘露醇可以降低某些蛋白的凍干后聚集情況。